Kaikki kotitalouksien jätevesi (WC-vedet ja harmaajätevesi) voidaan käsitellä pajupuhdistamon avulla. Pajupuhdistamo hyödyntää kaiken veden ja ravinteet, jotka siihen syötetään. Puhdistettua jätevettä ei synny eli ravinnepäästöjä ympäristöön ei ole lainkaan. Puhdistusprosessin ensimmäinen vaihe on rasvan ja hiukkasten erottaminen saostussäiliössä. Kiinteä aines täytyy erotella ennen veden syöttämistä puhdistamoon, jotta jakoputkisto ei tukkeutuisi.

Saostuksen jälkeen jätevesi virtaa edelleen pumppukaivoon, josta se pumpataan pajupuhdistamon kasvatusaltaaseen pienellä sähköpumpulla. Jäteveden levittämiseen tarvitaan pumppu, koska painovoimainen virtaus ei riitä levittämään jätevettä tehokkaasti altaaseen eikä pajun kasvu olisi näin optimaalista. Normaalin kotitalouden pajupuhdistamon pumppu kuluttaa noin 30 kWh sähköä vuodessa.

Kasvatusallas on 8 m leveä ja niin pitkä kuin on tarpeen. Tarvittava pituus vaihtelee suuresti kotitaloudesta kotitalouteen sekä maantieteellisen sijainnin mukaan. Laitoksen normaalipituus on tavanomaiselle kotitaloudelle 25-30 metriä. Jätevesi leviää kasvatusaltaaseen jakoputkiston läpi. Jakoputkisto kulkee altaan keskellä päästä päähän.

Pajut istutetaan veden levittämisputkiston molemmille puolille. Pajupuhdistamossa tulee käyttää tiettyjä pajulajikkeita. Eri lajikkeiden yhdistelmää käytetään järjestelmässä, jotta se toimii optimaalisesti. Pajut on istutettava alkukeväästä. Näin pajut ehtivät kasvaa ja tyhjentää maaperän kesällä ja syksyllä niin, että altaassa on riittävästi tilaa jätevesille ja suoraan altaaseen osuvalle sateelle talven aikana.

Jätevesistä saatavat ravintoaineet sitoutuvat tehokkaasti pajun varsiin ja lehtiin ja samalla syntyy noin 10-20 tonnia pajubiomassaa hehtaaria kohden. Järjestelmä ei aiheuta päästöjä ympäristöön, koska se on kokonaan suljettu polyetyleeni-muovista valmistetulla vettä läpäisemättömällä kalvolla. Kalvo myös suojataan juurikankaalla molemmin puolin, jotta esim. kivet eivät sitä vahingoita. On tärkeää, että pajupuhdistamoon kytketyt kotitaloudet käyttävät saippuaa, pesuaineita, henkilökohtaisia hygieniatuotteita, puhdistusaineita ja niin edelleen, jotka ovat luonnossa hajoavia. (Kaikilla muilla jätevedenpuhdistamoilla pitäisi myös huolehtia samasta käytännöstä). Tällä tavalla haitallisia aineita ei koskaan kerry maaperään, ja laitoksen maaperää voidaan käyttää viljelymaana, vaikka laitosta olisi käytetty satojen vuosien ajan. Xenobioottiset aineet saavat runsaasti aikaa hajota ja alue, jolla on oikea kosteusolosuhde bakteereille, kulkee ylös ja alas maaperässä monta kertaa vuodessa riippuen laitokselle sattuvan sadeveden määrästä. Tämä luo vyöhykkeitä, joilla on erinomaiset olosuhteet bakteereille, jotka hajottavat xenobioottisia aineita kuten hormoneja. Myöskin pajupuhdistamon suuri ala merkitsee pientä kuormitusta pinta-alayksikköä kohden, siksi pajupuhdistamo toimii luotettavammin kuin useat muut jätevedenkäsittelylaitokset.

Nollapäästöisiä pajupuhdistamoja on käytetty teollisuusjäteveden käsittelyyn hyvillä tuloksilla. Teollisissa sovelluksissa jäteveden laatu voi olla hyvin erilainen lähteestä riippuen ja niin puhdistuslaitos on suunniteltava ottaen huomioon jäteveden erityislaatu.